发票使用及申领
（一）根据渝财综〔2007〕94号及财综〔2007〕40号规定：从2007年10月1日起，全市各级非营利性民办医疗机构停止使用市财政局印制的财政票据，统一使用税务机关监制的发票。其他医疗机构票据使用仍按渝财综〔2002〕255号文执行，即统一使用税务机关监制的发票。
（二）开具发票应当按照规定的时限、顺序，逐栏、全部联次一次性如实开具，并加盖单位财务印章或者发票专用章。任何单位和个人不得转借、转让、代开发票；未经税务机关批准，不得拆本使用发票；不得自行扩大专业发票使用范围。开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁，不得丢失。发票丢失，应于丢失当日书面报告主管税务机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。已开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
（三）发票管理有关规定
《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条规定：违反发票管理法规的行为包括：1.未按照规定印制发票或者生产发票防伪专用品的；2.未按照规定领购发票的；3.未按照规定开具发票的；4.未按照规定取得发票的；5.未按照规定保管发票的；6.未按照规定接受税务机关检查的。对有前款所列行为之一的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。有前款所列两种或者两种以上行为的，可以分别处罚。
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第四十七条规定：下列行为属于未按规定领购发票的行为：1.向税务机关以外的单位和个人领购发票；2.私售、倒买倒卖发票；3.贩运、窝藏假发票；4.向他人提供发票或者借用他人发票；5.盗取（用）发票；6.其他未按规定领购发票的行为。
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第四十八条规定：下列行为属于未按规定开具发票的行为：1.应开具而未开具发票；2.单联填开或上下联金额、增值税销项税额等内容不一致；3.填写项目不齐全；4.涂改发票；5.转借、转让、代开发票；6.未经批准拆本使用发票；7.虚构经营业务活动，虚开发票；8.开具票物不符发票；9.开具作废发票；10.未经批准，跨规定的使用区域开具发票；11.以其他单据或白条代替发票开具；12.扩大专业发票或增值税专用发票开具范围；13.未按规定报告发票使用情况；14.未按规定设置发票登记簿；15.其他未按规定开具发票的行为。
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第五十规定：下列行为属于未按规定保管发票的行为：1.丢失发票；2.损（撕）毁发票；3.丢失或擅自销毁发票存根联以及发票登记簿；4.未按规定缴销发票；5.印制发票的企业和生产发票防伪专用品的企业丢失发票或发票监制章及发票防伪专用品等；6.未按规定建立发票保管制度；7.其他未按规定保管发票的行为。
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第五十一条规定：下列行为属于未按规定接受税务机关检查的行为：1.拒绝检查；2.隐瞒真实情况；3.刁难、阻挠税务人员进行检查；4.拒绝接受《发票换票证》；5.拒绝提供有关资料；6.拒绝提供境外公证机构或者注册会计师的确认证明；7.拒绝接受有关发票问题的询问；8.其他未按规定接受税务机关检查的行为。
（四）营利性医疗机构和民办非营利性医疗机构均应按规定向所在主管地方税务机关办理税务登记，取得《发票领购簿》领购发票。办理《发票领购簿》前，纳税人需提出购票申请,填写《使用发票申请表》，提供税务登记证副本复印件,发票领购经办人一寸照片一张。
（五）医疗发票种类
医疗发票分为《重庆市医药费（门诊）专用发票》（手写票，价格为1.50元/本）、《重庆市医药费（门诊）专用发票》（机打票，价格为0.20元/份）及《重庆市医药费（住院）专用发票》（手写票，价格为3.00元/本）、《重庆市医药费（住院）专用发票》（机打票，价格为0.40元/份）四种。其中，使用机打发票的，须经主管税务机关批准，且必须使用正规开票软件开具，并提前将开票软件报主管税务机关备案。开具后的存根联应当按照顺序号装订成册。